股东价值分析

DOI:10.18129 / B9.bioc.sva

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见股东价值分析。

代理变量分析

Bioconductor版本:3.7

sva包包含的功能，以消除批效应和其他不必要的变化，在高通量实验。具体来说，sva包包含用于识别和构建高维数据集代理变量的函数。替代变量是直接从高维数据(如基因表达/RNA测序/甲基化/脑成像数据)中构建的协变量，可用于后续分析，以调整未知的、未建模的或潜在的噪声源。sva包可以用三种方式来删除工件:(1)识别和估计高通量实验中未知变异源的替代变量(Leek和Storey 2007 PLoS Genetics,2008 PNAS)，(2)使用ComBat直接去除已知的批效应(Johnson et al. 2007 Biostatistics)，(3)使用已知的对照探针去除批效应(Leek 2014 biorXiv)。在差异表达分析中去除批效应和使用替代变量已被证明可以减少依赖性，稳定错误率估计，并提高重复性，见(Leek和Storey 2007 PLoS Genetics, 2008 PNAS或Leek et al. 2011 Nat. Reviews Genetics)。

作者:Jeffrey T. Leek ， W. Evan Johnson ， Hilary S. Parker ， Elana J. Fertig ， Andrew E. Jaffe < Jaffe at jhsph.edu>， John D. Storey ，张玉清<张玉清。pkusms at gmail.com>， Leonardo Collado Torres

维护人员:Jeffrey T. Leek ， John D. Storey ， W. Evan Johnson

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“sva”)

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PDF	R脚本	股东价值分析教程
PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect,微阵列,MultipleComparison,归一化,预处理,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod
版本	3.28.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2),mgcv,genefilter,BiocParallel
进口	matrixStats，统计，图形，效用，limma
链接
建议	pamr,bladderbatch,BiocStyle,zebrafishRNASeq,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	rnaseqGene,扫描。通用产品
进口我	分配,舞会礼服,BatchQC,bnbc,冠军,魅力,crossmeta,DaMiRseq,debrowser,DeSousa2013,doppelgangR,边缘,ENmix,ExpressionNormalizationWorkflow,林肯,MAGeCKFlute,omicRexposome,PAA,道具,singleCellTK,TCGAbiolinks,触发
建议我	curatedBladderData,curatedCRCData,curatedOvarianData,哈曼,RnBeads,SomaticSignatures
我的链接
构建报告

包档案

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源包	sva_3.28.0.tar.gz
Windows二进制	sva_3.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	sva_3.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sva
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/上海广电
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sva/
包下载报告	下载数据