sscu

DOI:10.18129 / B9.bioc.sscu

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅sscu。

选择密码子使用的力量

Bioconductor版本:3.7

包计算索引的选择性力量在细菌物种的密码子使用。(1)选择的密码子使用的包可以计算强度偏差(sscu也叫s_index)基于保罗·夏普的方法。的方法考虑背景突变率,和只关注四对密码子与环球转化优势菌种。因此sscu指数在不同物种之间具有可比性。(2)包可以检测的力量转化精度选择明石的测试。测试列表显示所有密码子为四类守恒的特性/变量氨基酸和最优/最优密码子。(3)最优密码子列表(选定的基码)可以计算通过op_highly函数(通过使用高表达基因与基因识别最优密码子),或op_corre_CodonW / op_corre_NCprime函数(通过相关方法由Hershberg & Petrov)。用户将有进一步分析的最优密码子列表,比如输入明石的测试。(4)密码子使用情况的详细信息,如RSCU价值,数量的最优密码子在高度/所有基因集,以及基因组gc3值,可以计算optimal_codon_statistics和genomic_gc3功能。(5)此外,我们添加一个测试函数low_frequency_op包。 The function try to find the low frequency optimal codons, among all the optimal codons identified by the op_highly function.

作者:于太阳

维修工:于太阳< sunyu1357 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“sscu”)

文档

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细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,软件,WholeGenome
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),seqinr(3.1 > = 3),BiocGenerics(> = 0.16.1)
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sscu_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	sscu_2.10.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	sscu_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sscu
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sscu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sscu/
包下载报告	下载数据