seqbias

doi:10.18129/b9.bioc.seqbias

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅seqbias

高通量测序数据中的每位偏差的估计

生物导体版本:3.7

该软件包使用简单的贝叶斯网络在高通量测序数据中实现了每个位置测序偏置模型,其结构和参数是在一组对齐的读取和参考基因组序列上训练的。

作者:丹尼尔·琼斯(Daniel Jones)

维护者:丹尼尔·琼斯(Daniel Jones)

引用(从r内,输入引用(“ seqbias”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ seqbias”)

文档

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browsevignettes(“ seqbias”)

PDF R脚本 评估和调整高通量测序数据中的技术偏见
PDF 参考手册

细节

生物浏览 测序,,,,软件
版本 1.28.0
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(7。5年)
执照 LGPL-3
要看 r(> = 2.13.0),基因组机(> = 0.1.0),生物弦(> = 2.15.0),方法
进口 Zlibbioc
链接 rsamtools(> = 1.19.38)
建议 rsamtools,,,,GGPLOT2
系统要求
增强
URL
取决于我 Reqon
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 seqbias_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 seqbias_1.28.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) seqbias_1.28.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqbias
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/seqbias
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/seqbias/
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