食物
DOI:10.18129 / B9.bioc.scran
此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见食物．
单细胞rna序列数据分析方法
Bioconductor版本:3.7
实现单细胞RNA-seq数据的低级分析功能。提供了细胞特异性偏差的规范化、细胞周期阶段的分配、高变量和显著相关基因的检测、批效应的修正、标记基因的鉴定等单细胞分析工作流程中的常见任务的方法。
作者:Aaron Lun [aut, cre]， Karsten Bach [aut]， Jong Kyoung Kim [ctb]， Antonio Scialdone [ctb]， Laleh Haghverdi [ctb]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内，输入引用(“残渣”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“scran”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“残渣”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用scran对单细胞RNA-seq数据进行基本分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BatchEffect，聚类，GeneExpression，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化 |
| 版本 | 1.8.4 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，BiocParallel，SingleCellExperiment |
| 进口 | SummarizedExperiment，S4Vectors，BiocGenerics，Rcpp(>= 0.12.14)，统计，方法，utils，图形，grDevices，矩阵，嘘，刨边机，limma，dynamicTreeCut，模糊神经网络，igraph，闪亮的，statmod，ggplot2，DT，冬青，DelayedArray，DelayedMatrixStats |
| 链接 | beachmat，Rcpp，Rhdf5lib |
| 建议 | testthat，BiocStyle，knitr，beachmat，HDF5Array，limSolve，org.Mm.eg.db，DESeq2，单片眼镜，pracma，Biobase，irlba，aroma.light |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | simpleSingleCell |
| 进口我 | 基础知识，scDD |
| 建议我 | 司康饼，飞溅 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scran_1.8.4.tar.gz |
| Windows二进制 | scran_1.8.4.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | scran_1.8.4.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scran |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scran/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
