rtracklayer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rtracklayer

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rtracklayer

R接口基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

Bioconductor版本:3.7

可扩展的框架与多个基因组浏览器进行交互(目前UCSC的内置)和操纵注释跟踪以各种格式(目前人造石铺地面,床、bedGraph BED15,假发,权贵和2位内置)。用户可以导出/导入跟踪与支持的浏览器,以及查询和修改浏览器状态,如当前视口。

作者:迈克尔·劳伦斯,文斯凯里,罗伯特先生

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

从内部引用(R,回车引用(“rtracklayer”)):

安装

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rtracklayer”)

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PDF R脚本 rtracklayer
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 安装
文本 许可证

细节

biocViews 注释,DataImport,软件,可视化
版本 1.40.6
Bioconductor自 BioC 2.2 (r - 2.7)(10.5年)
许可证 艺术- 2.0 +文件许可
取决于 R(> = 3.3),方法,GenomicRanges(> = 1.31.8)
进口 XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbioc,RCurl(> = 1.4 - 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)工具
链接 S4Vectors,IRanges,XVector
建议 BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell,(> = 1.1.1),genefilter,limma,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,GenomicFeatures,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 BSgenome,CAGEfightR,ChIPComp,chipseqDB,ChIPSeqSpike,CoverageView,腰带,EatonEtAlChIPseq,exomePeak,geneXtendeR,GenomicFiles,groHMM,吉他,HelloRanges,IdeoViz,igvR,liftOver,MethylSeekR,r3Cseq,地区,RIPSeeker,测序,连接工具
进口我 AnnotationHubData,annotatr,ATACseqQC,舞会礼服,BiSeq,分歧点,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,CexoR,ChIPanalyser,chipenrich,chipenrich.data,ChIPseeker,ChromHeatMap,chromswitch,cn,彗星,CompGO,consensusSeekeR,contiBAIT,conumee,customProDB,位深蓝,derfinder,DEScan2,diffloop,DMCHMM,dmrseq,ensembldb,erma,esATAC,FourCSeq,FunciSNP,FunciSNP.data,genbankr,geneAttribution,geneLenDataBase,GeneStructureTools,genomation,GenomicFeatures,GenomicInteractions,genotypeeval,ggbio,GGtools,gmapR,哥特,gQTLBase,GreyListChIP,Gviz,gwascat,hiAnnotator,HiTC,HTSeqGenie,InTAD,IsoformSwitchAnalyzeR,karyoploteR,MACPET,MADSEQ,MEDIPS,metagene,methyAnalysis,methylKit,motifbreakR,MotifDb,NADfinder,normr,ORFik,Pbase,PGA,plyranges,proBAMr,PureCN,qsea,QuasR,美国广播公司,重新计票,recountWorkflow,收回,地区,Repitools,RGMQL,RiboProfiling,RNAprobR,咆哮,seqplots,seqsetvis,sevenC,SGSeq,soGGi,srnadiff,SVM2CRM,TFBSTools,trackViewer,transcriptR,tRNAscanImport,TSRchitect,VariantAnnotation,VariantTools,wavClusteR,wiggleplotr
建议我 高山,AnnotationHub,BiocFileCache,biovizBase,ChIPpeakAnno,CINdex,compEpiTools,CrispRVariants,dsQTL,埃尔默,epivizrData,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,GenomicAlignments,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,goseq,InPAS,interactiveDisplay,metaseqR,methylumi,miRBaseConverter,MotIV,MutationalPatterns,NarrowPeaks,OrganismDbi,PasillaTranscriptExpr,图片,,pqsfinder,R453Plus1Toolbox,林格,rMAT,RnBeads,RSVSim,签名者,similaRpeak,三层,TSSi,TVTB
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 rtracklayer_1.40.6.tar.gz
Windows二进制 rtracklayer_1.40.6.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) rtracklayer_1.40.6.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rtracklayer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
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