叙事

doi：10.18129/b9.bioc.Recount

该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅叙事。

探索和下载重新计算项目的数据

生物导体版本：3.7

从https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上探索并下载从重新计算项目中的数据。使用重新包装包，您可以在基因，外显子或外显子 - 外观连接级，原始计数，所使用的表型元数据，用于示例覆盖范围的BigWig文件或平均覆盖范围的Bigwig文件的URL上下载远程符号expperiment对象。不同的软件包可以使用远程膜化的效果对象来执行差分表达分析。使用//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder使用http://www.nature.com/nbt/journal/journal/journal/v35/v35/n4/n4/n4/full-v35/n4/full-v35/n4/full-v35/n4/full-packages/dderfinder您可以使用注释-Agnostic差异表达分析进行分析。/nbt.3838.html。

作者：Leonardo Collado-Torres [Aut，Cre]，Abhinav Nellore [CTB]，Andrew E. Jaffe [CTB]，Margaret A. Taub [CTB]，Kai Kammers [CTB]，Shannon E. Ellis [CTB]，Kasper Daniel [CTB]，Kasper DanielHansen [CTB]，Ben Langmead [CTB]，Jeffrey T. Leek [Aut，THS]

维护者：leonardo collado-torres

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// URL不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ recount”）

文档

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Browsevignettes（“重新计算”）

html	R脚本	基本DESEQ2结果探索
html	R脚本	重新计算快速入门指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DataImport，，，，差异性，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.6.3
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（2年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.3.0），总结性特征
进口	生物比较，，，，德芬德，，，，下载器，，，，地球，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，iranges， 方法，rcurl，，，，Rentrez，，，，rtracklayer（> = 1.35.3），S4VECTORS，统计，utils
链接
建议	AnnotationDbi，，，，生物使用（> = 2.5.19），deseq2，，，，DevTools（> = 1.6），Ensdb.hsapiens.v79，，，，GenomicFeatures，，，，编织，，，，尼特（> = 1.6），org.hs.eg.db，，，，地区报告（> = 1.9.4），rmarkDown（> = 0.9.5），测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/leekgroup/recount
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recount/
取决于我
进口我	psichomics，，，，recountworkflow
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	recount_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	recount_1.6.3.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	recount_1.6.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/重新计算
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/recount/
软件包下载报告	下载统计