proFIA

DOI:10.18129 / B9.bioc.proFIA

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见proFIA

FIA-HRMS数据预处理

Bioconductor版本:3.7

流动注射分析结合高分辨率质谱是一种有前途的高通量代谢组学方法。然而,FIA- HRMS数据不能用现有的依赖液相色谱分离的软件工具进行预处理,也不能只处理低分辨率的数据。在这里,我们提出了proFIA包,它实现了一种新的方法来预处理FIA-HRMS原始数据(netCDF, mzData, mzXML和mzML),包括噪声建模和注入峰值重建,并生成峰值表。该工作流程包括噪声建模、波段检测和滤波、信号匹配和缺失值填充。然后可以将峰值表导出为.tsv文件以供进一步分析。评估数据和信号质量的可视化很容易产生。

作者:Alexis Delabriere和Etienne Thevenot。

维护者:Alexis Delabriere < Alexis . Delabriere at cea.fr>

引文(从R内,输入引用(“proFIA”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“proFIA”)

文档

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browseVignettes(“proFIA”)

超文本标记语言 R脚本 处理FIA-HRMS数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews LipidomicsMassSpectrometry代谢组学PeakDetection预处理蛋白质组学软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证 CeCILL
取决于 R (>= 2.5.0),xcms
进口 统计,图形,utils, grDevices,方法,pracmaBiobaseminpack.lmBiocParallelmissForestropls
链接
建议 BiocGenericsplasFIAknitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 plasFIA
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 proFIA_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 proFIA_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) proFIA_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proFIA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/proFIA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/proFIA/
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