podkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见podkat。

位置相关的核关联测试

Bioconductor版本:3.7

这个包提供了一个关联测试，它能够处理非常罕见的甚至是私有的变量。这是通过考虑变体的位置的基于内核的方法来实现的。该测试可以用于预处理矩阵数据，也可以直接用于存储在VCF文件中的变量数据。关联测试可以进行全基因组，全外显子组，或限制在预先定义的兴趣区域。该测试由用于分析和可视化结果的工具补充。

作者:乌尔里希Bodenhofer

维持者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioin .jku.at>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“podkat”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“podkat”)

PDF	R脚本	一个用于关联测试的R包，涉及稀有和私有变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation,WholeGenome
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.2.0)，方法Rsamtools,GenomicRanges
进口	Rcpp(>= 0.11.1)、parallel、stats、graphics、grDevices、utils、Biobase,BiocGenerics,矩阵,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings,BSgenome(> = 1.32.0)
链接	Rcpp,Rsamtools
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation,SummarizedExperiment,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	podkat_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	podkat_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	podkat_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ podkat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
包下载报告	下载数据