paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见paxtoolsr。

PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径

Bioconductor版本:3.7

该包提供了一套R功能，使用Paxtools和查询路径共用(PC)分子相互作用数据库与BioPAX OWL文件交互，该数据库由纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)计算生物学中心主办。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、entire、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:奥古斯汀卢娜

维护人员:Augustin Luna

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“paxtoolsr”)

文档

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browseVignettes(“paxtoolsr”)

超文本标记语言	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(4年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.2),rJava(> = 0.9 8),XML
进口	httr,igraph,plyr,rjson,R.utils,data.table,jsonlite
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,RColorBrewer,biomaRt,雌激素,affy,hgu95av2,hgu95av2cdf,limma,foreach,doSNOW平行,org.Hs.eg.db
SystemRequirements	Java (> = 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	paxtoolsr_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	paxtoolsr_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ paxtoolsr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
包下载报告	下载数据