此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见pathview.
Bioconductor版本:3.7
Pathview是一个基于路径的数据集成和可视化工具集。它在相关通路图上绘制和呈现各种各样的生物数据。所有用户需要的是提供他们的数据并指定目标路径。Pathview自动下载路径图数据,解析数据文件,将用户数据映射到路径,并使用映射的数据渲染路径图。此外,Pathview还与路径和基因集(富集)分析工具无缝集成,用于大规模和全自动分析。
作者:罗维钧
维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>
引文(从R内,输入引用(“pathview”)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“pathview”)
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browseVignettes(“pathview”)
R脚本 | 路径视图:基于路径的数据集成和可视化 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(5.5年) |
许可证 | GPL (> = 3.0) |
取决于 | R (>= 2.10),org.Hs.eg.db |
进口 | KEGGgraph,XML,Rgraphviz,图,png,AnnotationDbi,KEGGREST,方法,utils |
链接 | |
建议 | 计,org.Mm.eg.db,RUnit,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://pathview.uncc.edu/ |
全靠我 | BioNetStat,EGSEA,MAGeCKFlute |
进口我 | CompGO,debrowser,EnrichmentBrowser,GDCRNATools,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow |
建议我 | clusterProfiler,计,gageData,π,TCGAbiolinks |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | pathview_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | pathview_1.20.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | pathview_1.20.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pathview |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/ |
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