npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见npGSEA．

基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA)

Bioconductor版本:3.7

目前的基因集富集方法依赖于排列进行推理。这些方法在计算上是昂贵的，并且具有基于排列数量的最小可实现p值，而不是基于实际观察到的统计数据。我们推导了两个基因集富集试验统计量的排列分布的三个参数近似。用我们的方法，我们能够减少排列测试的计算负担和粒度问题，这是在这个包中实现的。npGSEA计算基因集富集统计量和p值，而不需要排列的计算成本。它适用于对一个或多个基因集感兴趣的环境。还有内置的绘图功能来帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉森和阿特·欧文

维护者:杰西卡·拉森<拉森。杰西在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“npGSEA”)

文档

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PDF	R脚本	使用“npGSEA”软件包进行基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，微阵列，通路，软件，StatisticalMethod
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GSEABase(> = 1.24.0)
进口	Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计
链接
建议	所有，genefilter，limma，hgu95av2.db，ReportingTools，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	npGSEA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	npGSEA_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	npGSEA_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/npGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
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