msmsTests

DOI:10.18129 / B9.bioc.msmsTests

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见msmsTests。

LC-MS/MS差异表达测试

Bioconductor版本:3.7

通过光谱计数对无标记LC-MS/MS数据进行统计测试，以发现两种生物条件下差异表达的蛋白。有三种检验方法:泊松GLM回归、拟似然GLM回归和边缘包的负二项式。这三种模型都考虑了阻碍因素来控制有害变量。为了保证良好的重现性，我们可以使用测试后过滤器，在那里我们可以设置生物学相关的最小效应大小，以及最丰富条件的最小表达。

作者:Josep Gregori, Alex Sanchez，和Josep Villanueva

维护者:Josep Gregori字体< Josep。在gmail.com gregori >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“msmsTests”)

文档

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browseVignettes(“msmsTests”)

PDF	R脚本	msmsTests:通过阻塞控制批处理效果
PDF	R脚本	msmsTests:后测试过滤器，以提高再现性
PDF		参考手册

细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.1),MSnbase,msmsEDA
进口	刨边机,qvalue
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MSnID,RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	msmsTests_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	msmsTests_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	msmsTests_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msmsTests
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msmsTests
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msmsTests/
包下载报告	下载数据