methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylKit。

DNA甲基化分析亚硫酸氢从高通量测序结果

Bioconductor版本:3.7

methylKit是DNA甲基化分析R包从亚硫酸氢高通量测序和注释。包被设计成处理测序数据从rrb及其变体,也是目标捕捉亚硫酸氢方法和全基因组测序。它也有函数来分析碱基对决议5 hmc oxBS-Seq和TAB-Seq等实验数据协议。Perl是只需要读取山姆文件。

作者:Altuna Akalin (aut (cre),马提亚Kormaksson (aut),盛李(aut),温格Wabo[所有],阿德里安Bierling (aut),亚历山大Gosdschan (aut)

维护人员:Altuna Akalin < aakalin gmail.com >,亚历山大Gosdschan < alex。在gmail.com gos90 >

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“methylKit”)

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HTML	R脚本	methylKit:用户指南v或packageVersion (methylKit) '
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细节

biocViews	DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.6.3
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges(> = 1.18.1)方法
进口	IRanges,data.table(> = 1.9.6),平行,S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb,KernSmooth,qvalue,emdbook,Rsamtools,gtools,fastseg,rtracklayer,mclust,Rcpp,R.utils,limma、grDevices图形、属性、跑龙套
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.12.1),zlibbioc
建议	testthat,knitr,rmarkdown,genomation
SystemRequirements
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我	methInheritSim,methylInheritance
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylKit_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	methylKit_1.6.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylKit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylKit/
包下载报告	下载数据