hapFabia

DOI:10.18129 / B9.bioc.hapFabia

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hapFabia。

hapFabia:短段的识别身份的后裔(IBD)特点是罕见变异在大型测序数据

Bioconductor版本:3.7

包来确定短IBD段在FABIA biclustering大型测序数据。两个单是相同的血统(IBD)如果他们共享一个段,从一个共同祖先继承。目前的IBD方法可靠,检测IBD长段,因为许多小段的等位基因之间的整合两个单。然而,许多群组研究只包含无关的个人的分享短IBD段。这个包提供了软件识别短IBD片段测序数据。知识逐步短IBD相关片段的基因分型数据,关联研究,种群遗传学,揭示人类的进化史。包支持VCF格式,基于稀疏矩阵操作,并提供可视化的单体型集群不同的格式。

作者:然而Hochreiter < hochreit在bioinf.jku.at >

维护人员:然而Hochreiter < hochreit在bioinf.jku.at >

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PDF	R脚本	hapFabia:手动R包
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(6年)
许可证	LGPL (> = 2.1)
取决于	R (> = 2.12.0),Biobase,fabia。(> = 2.3.1)
进口	统计方法、图形grDevices,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
取决于我
进口我
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包档案

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源包	hapFabia_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	hapFabia_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	hapFabia_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hapFabia
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hapFabia
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hapFabia/
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