gmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gmapR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见gmapR．

GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

Bioconductor版本:3.7

GSNAP和GMAP是Tom Wu编写的一对对齐短读数据的工具。这个包提供了在r中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外，它还提供了使用bam_tally工具在每个核苷酸的基础上计算比对结果的方法。

作者:Cory Barr, Thomas Wu, Michael Lawrence

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gmapR”)

文档

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browseVignettes(“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),BiocGenerics(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Biostrings，VariantAnnotation(>= 1.25.11)，工具，Biobase，BSgenome，GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocParallel
链接
建议	RUnit，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	HTSeqGenie
进口我
建议我	VariantTools，VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gmapR_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gmapR_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gmapR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
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