gep2pep

DOI:10.18129 / B9.bioc.gep2pep

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见gep2pep。

通路表达谱(PEPs)的建立和分析

Bioconductor版本:3.7

通路表达谱(PEPs)是基于通路(定义为基因组)的表达，而不是单个基因。该包将基因表达谱转换为PEPs，并对两种途径和实验条件进行富集分析，如“drug set enrichment analysis”和“gene2drug”drug discovery analysis。

作者:Francesco Napolitano

维护者:Francesco Napolitano

安装

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##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gep2pep”)

文档

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browseVignettes(“gep2pep”)

超文本标记语言	R脚本	介绍gep2pep
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,软件
版本	1.0.0
许可证	GPL-3
取决于
进口	回购(> = 2.1.1),foreach,统计,跑龙套,GSEABase、方法、Biobase,XML
链接
建议	WriteXLS,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gep2pep_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	gep2pep_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gep2pep_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gep2pep
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gep2pep
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gep2pep/
包下载报告	下载数据