genotypeeval

DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见genotypeeval．

gVCF或VCF文件的QA/QC

Bioconductor版本:3.7

采用gVCF或VCF并报告度量标准以评估呼叫质量。

作者:Jennifer Tom [aut, cre]

维护者:Jennifer Tom < Tom。Jennifer在gene.com>上报道

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因类型eval”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“genotypeeval”)

超文本标记语言		genotypeeval_vignette.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.3.0)，VariantAnnotation
进口	ggplot2，rtracklayer，BiocGenerics，GenomicRanges，GenomeInfoDb，IRanges、方法、BiocParallel，Rtsne、图形、统计
链接
建议	rmarkdown，testthat，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	genotypeeval_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	genotypeeval_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	genotypeeval_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genotypeeval
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/
软件包下载报告	下载数据