基因组

DOI：10.18129 / b9.bioc.genomation.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅基因组。

基因组数据的摘要，注释和可视化

生物导体版本：3.7

基因组间隔概要和注释的包。用户可以通过预定义的功能区进行可视化和量化基因组间隔，例如启动子，外显子，内含子等。基因组间隔代表具有定义染色体位置的区域，其可以与分数相关联，例如来自HT-的对齐读数SEQ实验，TF结合位点，甲基化分数等。包装可以使用任何片状基因组特征数据，只要它具有关于基因组间隔的位置的最小信息。此外，它可以使用BAM或BIGWIG文件作为输入。

作者：Altuna Akalin [Aut，Cre]，Vedran Franke [Aut，Cre]，Katarzyna Wreczycka [Aut]，Alexander Gosdschan [CTB]，Liz Ing-Simmons [CTB]，Bozena Mika-Gospodorz [CTB]

维护者：Altuna Akalin ，Vedran Franke ，Katarzyna Wreczycka

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HTML.	r script.	基因组
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细节

Biocviews.	注解那CPGISLAND那测序那软件那可视化
版本	1.12.0
在生物导体中以来	BIOC 3.1（R-3.2）（3.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.0.0），网格
进口	生物仪器（> = 2.47.6），bsgenome.（> = 1.47.3），data.table.那genomeinfodb.那Genomicranges.（> = 1.31.8），基因管理（> = 1.15.6），S4Vectors.（> = 0.17.25），ggplot2.那Gridbase.那赋予那绞喉（> = 2.13.12），MatrixStats.，方法，平行，Plotrix.那普利尔那读书那重塑2.那RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），seqpattern.那rtracklayer.（> = 1.39.7），运行那rcpp.（> = 0.12.14）
链接到	rcpp.
建议	生物根系那GenomationData.那kn那rcolorbrewer.那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
Bugreports.	https://github.com/bimsbbioinfo/genomation/issues.
取决于我
进口我	Cexor.那FCCAC.那RCA.
建议我	Methylkit.
链接给我
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包档案包

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源包	Genomation_1.12.0.tar.gz.
Windows二进制文件	Genomation_1.12.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	genomation_1.12.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomation.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包/基因
包短网址	http://biocumon.org/packages/genomation/
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