geneXtendeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.geneXtendeR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见geneXtendeR．

优化的ChIP-seq数据功能注释

Bioconductor版本:3.7

geneXtendeR使用快速迭代峰值坐标/GTF对齐算法优化ChIP-seq峰值的功能注释。由于不同的ChIP-seq峰调用者产生不同的差异富集峰，峰长分布和总峰计数差异很大，用它们最近的基因注释峰列表可能是一个有噪声的过程。因此，geneXtendeR的目标是将差异富集的峰与其各自的基因健壮地连接起来，从而在qPCR期间为一组潜在的候选基因设计引物时帮助实验随访和验证。

作者:Bohdan Khomtchouk [aut, cre]

维护者:Bohdan Khomtchouk

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PDF	R脚本	geneXtendeR装饰图案
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细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，DifferentialPeakCalling，去，遗传学，GenomeAnnotation，HistoneModification，NaturalLanguageProcessing，PeakDetection，软件，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	GO.db，org.Rn.eg.db，rtracklayer， r (>= 3.3.1)
进口	AnnotationDbi，data.table，dplyr、图形、networkD3，org.Ag.eg.db，org.Bt.eg.db，org.Ce.eg.db，org.Cf.eg.db，org.Dm.eg.db，org.Dr.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Mmu.eg.db，org.Pt.eg.db，org.Sc.sgd.db，org.Ss.eg.db，org.Xl.eg.db，RColorBrewer，SnowballC，tm跑龙套,wordcloud
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR
BugReports	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR/issues
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包档案

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源包	geneXtendeR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	geneXtendeR_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	geneXtendeR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneXtendeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geneXtendeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneXtendeR/
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