gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gcapc。

GC调用者知道峰

Bioconductor版本:3.7

呼吁ChIP-seq峰值数据考虑潜在的测序读GC的偏见。GC的偏见是第一次估计广义线性混合模型使用有效的GC策略,然后应用到峰值估计意义。

作者:Mingxiang腾和拉斐尔·a·伊

维护人员:Mingxiang腾< tengmx gmail.com >

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HTML	R脚本	gcapc用户指南
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文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量样条函数,grDevices、图形、数据、方法
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gcapc_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	gcapc_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	gcapc_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
包下载报告	下载数据