gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见gCrisprTools。

集合Crispr屏幕QC和分析的功能套件

Bioconductor版本:3.7

用于评估汇集高通量筛选实验的一套工具，通常使用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式磁带行为的方法，识别差异丰富的盒式磁带，聚集信号以识别实证验证、假设检验和综合报告的候选目标。

作者:Russell Bainer, Dariusz Ratman, Steve Lianoglou, Peter Haverty

维护者:Peter Haverty < Haverty。彼得在gene.com >

安装

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##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gCrisprTools”)

文档

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browseVignettes(“gCrisprTools”)

超文本标记语言	R脚本	Example_Workflow_gCrisprTools
超文本标记语言	R脚本	gCrisprTools_Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CRISPR,CellBiology,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,遗传学,MultipleComparison,归一化,遗传药理学,药物基因组学,PooledScreens,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3)
进口	Biobase,limma,RobustRankAggreg,ggplot2,PANTHER.db,rmarkdown， grDevices, graphics, stats, utils, parallel
链接
建议	刨边机,knitr、网格AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	gCrisprTools_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	gCrisprTools_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gCrisprTools_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCrisprTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
包下载报告	下载数据