gCMAPWeb

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCMAPWeb

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见gCMAPWeb．

一个用于基因集富集分析的web界面

Bioconductor版本:3.7

gCMAPWeb R包为gCMAP包提供了一个图形用户界面。gCMAPWeb使用Rook包，既可以在本地机器上使用，利用R的内部web服务器，也可以在专用的rApache web服务器安装上运行。gCMAPWeb允许用户搜索自己的数据源，包中还包括从公共存储库生成参考数据集的指令。该包支持三种常见类型的分析，特别是带有1的查询。一组或两组查询基因标识符，其成员预期在一致的方向上显示基因表达的变化。例如，上调的基因集可能包含由转录因子激活的基因，下调的基因集目标被同一因子抑制。2.一组查询基因标识符，其成员被期望表现为发散的差异表达(非定向查询)。例如，一个特定信号通路的成员，在对刺激的反应中，有些可能上调，有些可能下调。3. a query with the complete results of a differential expression profiling experiment. For example, gene identifiers and z-scores from a previous perturbation experiment. gCMAPWeb accepts three types of identifiers: EntreIds, gene Symbols and microarray probe ids and can be configured to work with any species supported by Bioconductor. For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者:托马斯·桑德曼

维护者:Thomas Sandmann < Sandmann。T在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gCMAPWeb”)

文档

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browseVignettes(“gCMAPWeb”)

PDF	R脚本	gCMAPWeb配置
PDF	R脚本	重新创建宽连接映射v1
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，GeneSetEnrichment，微阵列，软件，转录，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase，gCMAP(>= 1.3.0)，方法，R (>= 3.4)，车
进口	酿造，BiocGenerics，注释，AnnotationDbi，图形，grDevices，GSEABase，hwriter，并行，统计，utils，yaml
链接
建议	affy，ArrayExpress，hgfocus.db，hgu133a.db，mgug4104a.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，RUnit
SystemRequirements
增强了	bigmemory，bigmemoryExtras
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gCMAPWeb_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gCMAPWeb_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCMAPWeb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCMAPWeb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCMAPWeb/
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