fastseg

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅fastseg。

fastseg——快速分割算法

Bioconductor版本:3.7

fastseg实现了一个快速和有效的分割算法。它有类似的功能作为DNACopy (Olshen,万卡特拉曼·莱马克里斯2004),但得更快和更灵活。fastseg可以从DNA微阵列和数据段数据从下一代测序检测拷贝数段。进一步可以段RNA微阵列数据像瓷砖阵列识别记录。最普遍,它可以部分数据作为一个矩阵或向量。可以使用各种数据格式作为输入表达式设置对象等fastseg微阵列或农庄测序数据。fastseg的细分标准是基于统计测试在贝叶斯框架,即网络学习任务(Baldi 2001)。抽样的加速来自事实,没有必要在fastseg和动态规划的方法是用于计算部分的第一和高阶的时刻。

作者:京特·Klambauer

维护人员:京特·Klambauer < fastseg在bioinf.jku.at >

从内部引用(R,回车引用(“fastseg”)):

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“fastseg”)

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PDF	R脚本	fastseg:手动R包
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,CopyNumberVariation,软件
版本	1.26.0