该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅Ensembldb。
生物导体版本:3.7
该软件包提供了创建和使用以转录本为中心的注释数据库/软件包的功能。数据库的注释使用其PERL API直接从Ensembl获取。该功能和数据类似于GenomicFeatures软件包中的TXDB软件包的功能和数据,但是除了检索所有基因/转录本模型和从数据库中的注释外,EnsemblDB还提供了一个过滤器框架,可允许检索针对诸如基因上的特定基因的注释,以便在编码的基因上进行注释。LincRNA基因的染色体区域或转录本模型。用EnsemblDB构建的ENSDB数据库还包含蛋白质及其编码转录本之间的蛋白质注释和映射。最后,EnsemblDB提供了在基因组,转录和蛋白质坐标之间绘制的函数。
作者:Johannes Rainer
维护者:约翰内斯·雷纳(Johannes Rainer) 引用(从r内,输入 要安装此软件包,请启动R并输入: 要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入: 跟随bob 体育网址
在R会话中使用此软件包的说明。引用(“ emembldb”)
):安装
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ emembldb”)
文档
browsevignettes(“ emembldb”)
html
R脚本
生成基于Enembl的注释软件包
html
R脚本
基因组,转录本和蛋白质坐标之间的映射
html
R脚本
查询蛋白质特征
html
R脚本
使用MySQL Server后端
PDF
参考手册
文本
消息
细节
生物浏览
AnnotationData,,,,覆盖范围,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件
版本
2.4.1
在生物导体中
Bioc 3.1(R-3.2)(3.5岁)
执照
LGPL
要看
生物基因(> = 0.15.10),基因组机(> = 1.31.18),GenomicFeatures(> = 1.29.10),AnnotationFilter(> = 1.1.9)
进口
方法,rsqlite(> = 1.1),DBI,,,,生物酶,,,,GenomeInfodB,,,,AnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayer,,,,S4VECTORS,,,,rsamtools,,,,iranges(> = 2.13.24),蛋白质,,,,生物弦(> = 2.47.9),卷曲
链接
建议
生物使用,,,,尼特,,,,ensdb.hsapiens.v86(> = 0.99.8),测试,,,,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38,,,,GGBIO(> = 1.24.0),GVIZ(> = 1.20.0),马格里特,,,,AnnotationHub
系统要求
增强
rmysql,,,,闪亮的
URL
https://github.com/jotsetung/ensembldb
BugReports
https://github.com/jotsetung/ensembldb/issues
取决于我
Ahensdbs,,,,Chimeraviz,,,,ensdb.hsapiens.v75,,,,Ensdb.hsapiens.v79,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,ensdb.mmusculus.v75,,,,ensdb.mmusculus.v79,,,,ensdb.rnorvegicus.v75,,,,Ensdb.rnorvegicus.v79
进口我
Biovizbase,,,,Chippeakanno,,,,epivizrdata,,,,GGBIO,,,,metagene,,,,途径图,,,,PBase,,,,TVTB
建议我
高山,,,,GenomicFeatures,,,,tfutils,,,,txreginfra,,,,WigglePlotr
链接到我
构建报告
包装档案
源包
emembldb_2.4.1.tar.gz
Windows二进制
emembldb_2.4.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan)
emembldb_2.4.1.tgz
源存储库
git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源存储库(开发人员访问)
git clone git@git.bioconductor.org:packages/emembldb
包装短URL
//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
软件包下载报告
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