刨边机
DOI:
10.18129 / B9.bioc.edgeR
此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见刨边机。
数字基因表达数据的实证分析
Bioconductor版本:3.7
RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。采用一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和拟似然检验。和RNA-seq一样，它也可以应用于产生计数的其他类型基因组数据的差分信号分析，包括ChIP-seq, Bisulfite-seq, SAGE和CAGE。
作者:陈云顺琛， Aaron Lun ， Davis McCarthy ，周小蓓< Xiaobei。周在不会用。ch>， Mark Robinson < Mark。在imls.uzh罗宾逊。ch>， Gordon Smyth < Smyth在wehi.edu.au>
维护人员:陈云顺， Aaron Lun ， Mark Robinson < Mark。在imls.uzh罗宾逊。ch>， Davis McCarthy ， Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>
安装
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“edgeR”)
文档
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细节
| biocViews |
AlternativeSplicing,BatchEffect,贝叶斯,ChIPSeq,聚类,报道,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,MultipleComparison,归一化,通路,质量控制,RNASeq,回归,圣人,测序,软件,TimeCourse,转录 |
| 版本 |
3.22.5 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.3 (R-2.8)(10年) |
| 许可证 |
GPL (> = 2) |
| 取决于 |
R (> = 2.15.0),limma(> = 3.34.5) |
| 进口 |
图形，统计，效用，方法，locfit,Rcpp |
| 链接 |
Rcpp |
| 建议 |
AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,readr,样条函数 |
| SystemRequirements |
c++ 11 |
| 增强了 |
|
| URL |
http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR |
| 取决于我 |
ASpli,chipseqDB,DBChIP,埃达,EGSEA123,感兴趣,外套,methylMnM,RNAseq123,RnaSeqGeneEdgeRQL,RnaSeqSampleSizeData,RUVSeq,samExploreR,simpleSingleCell,移行细胞癌,tRanslatome |
| 进口我 |
affycoretools,ampliQueso,anota2seq,ArrayExpressHTS,baySeq,compcodeR,coseq,csaw,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,DEsubs,DiffBind,diffcyt,diffHic,diffloop,DRIMSeq,DropletUtils,easyRNASeq,EBSEA,埃达,eegc,EGSEA,EnrichmentBrowser,erccdashboard,GDCRNATools,Glimma,GSEABenchmarkeR,HTSFilter,IsoformSwitchAnalyzeR,MEDIPS,metaseqR,MIGSA,MLSeq,msgbsR,msmsTests,PathoStat,适当的,psichomics,recountWorkflow,regsplice,Repitools,ReportingTools,rnaSeqMap,RnaSeqSampleSize,嘘,scde,司康饼,食物,singscore,飞溅,STATegRa,SVAPLSseq,systemPipeR,TCGAbiolinks,TCseq,tweeDEseq,vidger,纱,zinbwave |
| 建议我 |
ABSSeq,biobroom,BitSeq,ClassifyR,clonotypeR,cqn,cydar,DEScan2,EDASeq,计,gCrisprTools,GenomicAlignments,GenomicRanges,goseq,groHMM,GSAR,GSVA,理想的,JctSeqData,leeBamViews,missMethyl,multiMiR,regionReport,SSPA,经验丰富的人,subSeq,SummarizedBenchmark,tximport,variancePartition,zFPKM |
| 我的链接 |
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