easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅easyRNASeq。

数为RNA-Seq数据汇总和规范化

Bioconductor版本:3.7

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau巴斯蒂安·Schiffthaler Niklas Maehler

维修工:尼古拉斯Delhomme < nicolas.delhomme在umu.se >

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HTML	R脚本	geneNetworkR
PDF	R脚本	R / Bioconductor高通量序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,预处理,RNASeq,软件
版本	2.16.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.39.1),BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel(> = 1.13.1),biomaRt(> = 2.35.8),Biostrings(> = 2.47.6),DESeq(> = 1.31.0),刨边机(> = 3.21.6),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),genomeIntervals(> = 1.35.1),GenomicAlignments(> = 1.15.6),GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(> = 1.9.9)、图形IRanges(> = 2.13.13),迷幻药(> = 3.0),locfit、方法、并行Rsamtools(> = 1.31.2),S4Vectors(> = 0.17.25),ShortRead(> = 1.37.1),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 2.7.8),BSgenome(> = 1.39.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,knitr,rmarkdown,RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RnaSeqTutorial
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	easyRNASeq_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	easyRNASeq_2.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ easyRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据