dmrseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dmrseq

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dmrseq

检测和推理亚硫酸氢全基因组测序的差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.7

这个包实现基因组扫描的方法来检测和执行准确推断从亚硫酸氢全基因组测序数据差异甲基化区域。方法是基于比较检测到零分布集中区域,可以实现,即使只有两个样品每人口是可用的。区域层次上的统计数据拟合得到的广义最小二乘法(gl)回归模型嵌套误差自回归相关结构的影响利息改变了甲基化比例。

作者:基冈Korthauer <基冈在jimmy.harvard.edu >, Sutirtha Chakraborty < statistuta gmail.com >,尤Benjamini < yuvalbenj gmail.com >,拉斐尔•伊<拉法在jimmy.harvard.edu >

维护人员:基冈Korthauer <基冈在jimmy.harvard.edu >

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细节

biocViews DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,FunctionalGenomics,MultipleComparison,回归,测序,软件,WholeGenome
版本 1.0.14
许可证 麻省理工学院+文件许可
取决于 R (> = 3.5),bsseq
进口 GenomicRanges,nlme,ggplot2,S4Vectors,RColorBrewer,bumphunter,DelayedMatrixStats(> = 1.1.12),matrixStats,BiocParallel,离群值、方法、locfit,IRangesgrDevices图形,统计,跑龙套,annotatr,AnnotationHub,rtracklayer,GenomeInfoDb,样条函数
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源包 dmrseq_1.0.14.tar.gz
Windows二进制 dmrseq_1.0.14.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) dmrseq_1.0.14.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dmrseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dmrseq/
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