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diffloop
DOI:10.18129 / B9.bioc.diffloop
此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见diffloop。
从染色质拓扑数据中识别不同的DNA环
Bioconductor版本:3.7
一套工具，用于对一个或多个ChIA-PET实验或其他推断染色质环的分析结果进行分类、可视化、注释和统计分析。
作者:Caleb Lareau, Martin Aryee
维护者:Caleb Lareau
引文(从R中输入引用(“diffloop”)):
安装
要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“diffloop”)
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“diffloop”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 从染色质拓扑数据中识别不同的DNA环。 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport,DataRepresentation,去,预处理,质量控制,软件,可视化 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可 |
| 取决于 | |
| 进口 | 方法,GenomicRanges,foreach,plyr,dplyr,reshape2,ggplot2,matrixStats,寿司,刨边机,locfit,statmod,biomaRt,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges、grDevices、graphics、stats、utils、Biobase,readr,data.table,rtracklayer,pbapply,limma |
| 链接 | |
| 建议 | DESeq2,diffloopdata,ggrepel,knitr,rmarkdown,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/aryeelab/diffloop |
| BugReports | https://github.com/aryeelab/diffloop/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | diffloop_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffloop_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | diffloop_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffloop |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffloop |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffloop/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
