diffHic

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见diffHic。

Hi-C数据的微分分析

Bioconductor版本:3.7

在Hi-C实验中检测不同生物条件下的不同相互作用。提供了用于读取对齐和数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR，支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。

作者:Aaron Lun

维护者:Aaron Lun

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文本		新闻

细节

biocViews	对齐，聚类，报道，嗝，MultipleComparison，归一化，预处理，测序，软件
版本	1.12.1
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges，InteractionSet，SummarizedExperiment
进口	Rsamtools，Rhtslib，Biostrings，BSgenome，rhdf5，刨边机，limma，csaw，locfit、方法、IRanges，S4Vectors，GenomeInfoDb，BiocGenerics， grDevices，图形，统计，utils，Rcpp
链接	Rhtslib(> = 1.12.1),zlibbioc，Rcpp
建议	BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，矩阵
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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包档案

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源包	diffHic_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	diffHic_1.12.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	diffHic_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ diffic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/
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