dexus

DOI:10.18129 / B9.bioc.dexus

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见dexus

DEXUS -在未知条件下或没有重复的RNA-Seq研究中识别差异表达

Bioconductor版本:3.7

DEXUS在所有可能的研究设计(如无重复、无样本组和未知条件的研究)下识别RNA-Seq数据中的差异表达基因。DEXUS也适用于已知条件,例如在两个或多个条件下的RNA-Seq数据。RNA-Seq读计数数据可以由S4类计数数据集和读计数矩阵提供。差异表达的转录本可以通过热图进行可视化,在热图中,未知条件、重复和样本组也被标记出来。由于该软件的核心算法是用c语言编写的,因此速度很快。对于非常大的数据集,该软件包中提供了DEXUS的并行版本。DEXUS是由EM算法在贝叶斯框架中选择的统计模型。DEXUS不需要重复来检测差异表达的转录本,因为每个转录本的重复(或条件)是由EM方法估计的。该方法提供信息性/非信息性值,以提取所需显著性水平或功率的差异表达转录本。

作者:Guenter Klambauer

维护者:Guenter Klambauer < Klambauer at bioinfu .jku.at>

引文(从R内,输入引用(“dexus”)):

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PDF R脚本 dexus: R包手册
PDF 参考手册

细节

biocViews CellBiology分类DifferentialExpressionGeneExpression质量控制RNASeq测序软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(5.5年)
许可证 LGPL (>= 2.0)
取决于 R(>= 2.15),方法,BiocGenerics
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建议 平行,statmod统计数据,DESeqRColorBrewer
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包档案

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源包 dexus_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 dexus_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) dexus_1.20.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexus
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dexus
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dexus/
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