compcodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见compcodeR．

RNAseq数据仿真、差分表达式分析和差分表达式方法性能比较

Bioconductor版本:3.7

该包提供了广泛的功能，用于比较RNAseq数据的差异表达式分析的不同方法获得的结果。它还包含模拟计数数据的函数和到多个包的接口，用于执行差分表达式分析。

作者:Charlotte Soneson

维护者:Charlotte Soneson

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“compcodeR”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“compcodeR”)

PDF	R脚本	compcodeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，RNASeq，软件
版本	1.16.1
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.2)，sm
进口	tcltk,knitr(> = 1.2),减价，ROCR，晶格(> = 0.16),gplots，gtools，gdata，caTools、网格KernSmooth，质量，ggplot2，stringr，模式，刨边机，limma，vioplot、方法
链接
建议	BiocStyle，EBSeq，DESeq，DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter，NOISeq，移行细胞癌，NBPSeq(> = 0.3.0)
SystemRequirements
增强了	rpanel，DSS
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	compcodeR_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	compcodeR_1.16.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	compcodeR_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compcodeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/
软件包下载报告	下载数据