彗星

doi:10.18129/b9.bioc.comet

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅彗星

彗星:范围循环范围范围扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化

生物导体版本:3.7

EWA的可视化导致基因组区域。除了表型缔合p值外,彗星还生成了共甲基化模式的图,并提供了一系列注释轨道。只要数据可以转化为基因组水平和任何物种,它就可以用于其他范围内的关联扫描。

作者:Tiphaine C. Martin [AUT,CRE],Thomas Hardiman [AUT],IDIL [AUT],PEI-CHIEN TSAI [AUT],JORDANA T. BELL [AUT]

维护者:MSSM.edu的Tiphaine Martin

引用(从r内,输入引用(“彗星”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ comet”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“彗星”)

PDF R脚本 彗星用户指南
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 chipseq,,,,DNAMETHYLATY,,,,dnaseq,,,,差甲基化,,,,Exomeseq,,,,功能基因组学,,,,遗传学,,,,Genomewideassociation,,,,甲基,,,,甲基化array,,,,微阵列,,,,图案,,,,rnaseq,,,,核糖,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(3.5岁)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.4.0),网格,utils,Biomart,,,,GVIZ,,,,心理
进口 Colortools,,,,哈希,grdevices,栅格,,,,rtracklayer,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,基因组机,统计Corrplot
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,运行,,,,生物基因
系统要求
增强
URL http://epigen.kcl.ac.uk/comet
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 comet_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 comet_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) comet_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/comet
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/彗星
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/comet/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网