clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见clusterProfiler．

基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化

Bioconductor版本:3.7

这个包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能配置文件(GO和KEGG)的方法。

作者:余光创[aut, cre, cph] ()，王立根[ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb] (compareCluster公式接口)

维护人员:guangchuangyu

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“clusterProfiler”)

文档

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browseVignettes(“clusterProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，去，GeneSetEnrichment，KEGG，MultipleComparison，通路，Reactome，软件，可视化
版本	3.8.1
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，剂量(> = 3.5.1),enrichplot(> = 0.99.7),ggplot2，GO.db，GOSemSim，magrittr、方法、plyr，qvalue，rvcheck统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub，GSEABase，KEGG.db，knitr，org.Hs.eg.db，prettydoc，pathview，ReactomePA，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
全靠我
进口我	bioCancer，CEMiTool，DAPAR，debrowser，eegc，esATAC，GDCRNATools，林肯，MAGeCKFlute，miRsponge，MoonlightR，recountWorkflow，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	ChIPseeker，剂量，enrichplot，GOSemSim，isomiRs，ReactomePA，TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clusterProfiler_3.8.1.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_3.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	clusterProfiler_3.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterProfiler/
软件包下载报告	下载数据