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clonotypeR
DOI:10.18129 / B9.bioc.clonotypeR
此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见clonotypeR．
T细胞抗原受体序列高通量分析
Bioconductor版本:3.7
T细胞抗原受体序列的高通量分析编码T细胞受体的基因是通过体细胞重组产生的，产生了巨大的V， (D)和J片段的组合。重组过程中的附加过程在V和J段之间产生额外的序列多样性。总的来说，这个高度可变的区域被称为CDR3循环。该软件包的目的是处理和定量分析来自多个序列库的数百万个V-CDR3-J组合，称为克隆型。
作者:Charles Plessy < Plessy at riken.jp>
维护者:Charles Plessy < Plessy at riken.jp>
引文(从R内，输入引用(“clonotypeR”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“clonotypeR”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“clonotypeR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | clonotypeR用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 测序，软件 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.13 (R-3.0)(5年) |
| 许可证 | 文件许可 |
| 取决于 | |
| 进口 | 方法 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics，刨边机，knitr，pvclust，RUnit，素食主义者 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://clonotyper.branchable.com/ |
| BugReports | http://clonotyper.branchable.com/Bugs/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | clonotypeR_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | clonotypeR_1.18.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | clonotypeR_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clonotypeR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clonotypeR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/clonotypeR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
