限幅器

DOI:10.18129 / B9.bioc.clipper

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见限幅器．

利用路径拓扑的基因集分析

Bioconductor版本:3.7

采用两步经验方法实现拓扑基因集分析。它利用图分解理论来创建一个结树并重建最相关的信号路径。在第一步中，裁剪器根据对路径拓扑图的均值和集中矩阵的统计检验来选择显著路径。然后，它“剪辑”整个通路，识别与特定表型有最大关联的信号通路。

作者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>，Gabriele Sales , Chiara Romualdi

维护者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“clipper”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“快船”)

PDF	R脚本	限幅器
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.20.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(5.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 2.15.0)，矩阵，图
进口	方法,Biobase，Rcpp，igraph，gRbase(> = 1.6.6),qpgraph，KEGGgraph，corpcor，RBGL
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，石墨，所有，hgu95av2.db，质量，BiocStyle
SystemRequirements
增强了	RCy3
URL
全靠我
进口我
建议我	石墨
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clipper_1.20.1.tar.gz
Windows二进制	clipper_1.20.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	clipper_1.20.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clipper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clipper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clipper/
软件包下载报告	下载数据