Chromvar

doi:10.18129/b9.bioc.chromvar

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅Chromvar

跨区域的染色质变化

生物导体版本:3.7

确定跨注释或峰的染色质可及性的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据,例如从SCATAC-SEQ或稀疏的Bulk ATAC或DNase-Seq实验。

作者:Alicia Schep [Aut,Cre],Jason Buenrostro [CTB],Caleb Lareau [CTB],William Greenleaf [THS],Stanford University [CPH]

维护者:alicia schep

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细节

生物浏览 结肠管制,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件
版本 1.2.0
执照 麻省理工学院 +文件许可证
要看 R(> = 3.4)
进口 iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GGPLOT2,,,,纳博,,,,生物比较,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,TFBSTOOLS,,,,rsamtools,,,,S4VECTORS, 方法,RCPP, 网格,情节,,,,闪亮的,,,,miniui,统计,utils,图形,DT,,,,RTSNE,,,,矩阵,,,,总结性特征,,,,rcolorbrewer,,,,BSGENOME
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 Jaspar2016,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,readr,,,,测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,pheatmap,,,,MotifMatchr
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源包 chromvar_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 chromvar_1.2.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) chromvar_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromvar
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/chromvar
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/chromvar/
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