chipseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseq

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见chipseq。

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:3.7

为chipseq实验帮助处理短读数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence, Yao Zizhen

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“chipseq”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF	R脚本	一个样本芯片- seq分析工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),ShortRead
进口	方法、统计数据晶格,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,ShortRead
链接
建议	BSgenome,GenomicFeatures,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	平
进口我	ChIPQC,文案,HTSeqGenie,soGGi,transcriptR
建议我	GenoGAM,ggbio
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chipseq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	chipseq_1.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chipseq_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/
包下载报告	下载数据