CellHTS2

doi:10.18129/b9.bioc.cellhts2

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅CellHTS2

基于细胞的屏幕的分析 - CellHT的修订版

生物导体版本:3.7

该软件包提供了用于分析以微量定板格式执行的高通量测定法(包括但不限于384孔板)的工具。该功能包括数据导入和管理,归一化,质量评估,复制摘要和统计评分。提供了有关数据和分析结果的详细图形概述的网页。在我们的工作中,我们将包装应用于苍蝇和人类细胞的RNAi屏幕,以及酵母库的屏幕。简要介绍,请参阅“ CellHTS2”。

作者:Ligia Bras,Wolfgang Huber ,Michael Boutros ,Gregoire Pau ,florian hahne

维护者:约瑟夫·巴里(Joseph Barry)

引用(从r内,输入引用(“ CellHTS2”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ cellhts2”)

文档

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Browsevignettes(“ CellHTS2”)

PDF R脚本 主要小插图(完整版本):基于单元的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 主要小插图:基于细胞的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 补充:增强剂 - 抑制器屏幕
PDF R脚本 补充:多通道测定
PDF 参考手册

细节

生物浏览 蜂窝基,,,,预处理,,,,软件,,,,可视化
版本 2.44.0
在生物导体中 Bioc 2.1(R-2.6)(11年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.10),rcolorbrewer,,,,生物酶, 方法,GeneFilter,,,,斑点,,,,VSN,,,,HWRITER,,,,Locfit, 网格
进口 普拉达,,,,gseabase,,,,类别,stats4,生物基因
链接
建议 GGPLOT2
系统要求
增强
URL http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我 ImageHts,,,,Starank
进口我 gesper,,,,HTSANALYZER,,,,rnainteract
建议我 生物萨尔,,,,普拉达
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 cellhts2_2.44.0.tar.gz
Windows二进制 cellhts2_2.44.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) cellhts2_2.44.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellhts2
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/cellhts2
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/cellhts2/
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