Beadarray

doi:10.18129/b9.bioc.beadarray

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅Beadarray

Illumina Beadarray数据的质量评估和低级分析

生物导体版本:3.7

该软件包能够读取BeadScan输出的珠级数据(原始TIFFS和文本文件)以及Beadstudio的珠子 - 萨华数据。提供了质量评估和低级分析的方法。

作者:马克·邓宁,迈克·史密斯,乔纳森·凯恩斯,安迪·林奇,马特·里奇

维护者:马克·邓宁(Mark Dunning)

引用(从r内,输入引用(“ Beadarray”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ beadarray”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Beadarray”)

PDF R脚本 beadarray.pdf
PDF R脚本 Beadlevel.pdf
PDF R脚本 Beadsummary.pdf
PDF R脚本 ImageProcessing.pdf
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件
版本 2.30.0
在生物导体中 Bioc 1.8(R-2.3)(12。5年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 2.13.0),生物基因(> = 0.3.2),生物酶(> = 2.17.8),方法,GGPLOT2
进口 Beaddatapackr,,,,林玛,,,,AnnotationDbi,stats4,RESHAPE2,,,,基因组机,,,,iranges,,,,Illuminaio
链接
建议 Lumi,,,,VSN,,,,副词,,,,HWRITER,,,,Beadarrayexampledata,,,,Illuminahumanv3.db,,,,栅格,,,,生物使用,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,GGBIO,,,,喷嘴.r1,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我 Beadarrayexampledata
进口我 ArrayQualityMetrics,,,,Beadarrayusecases,,,,Blima,,,,Epgenomix
建议我 Beadarraysnp,,,,blimatestingdata,,,,Lumi
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 beadarray_2.30.0.tar.gz
Windows二进制 beadarray_2.30.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) Beadarray_2.30.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/beadarray
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
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