VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见VariantTools．

变量调用的探索性分析工具

Bioconductor版本:3.7

使用过滤器探索、诊断和比较变量调用。

作者:Michael Lawrence, Jeremiah Degenhardt, Robert Gentleman

维护者:Michael Lawrence

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“VariantTools”)

文档

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PDF	R脚本	VariantTools简介
PDF		包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(>= 1.11.16)，方法
进口	Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenerics，Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵，rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallel，GenomeInfoDb，BSgenome，Biobase
链接
建议	RUnit，LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL，图，gmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	HTSeqGenie
建议我	VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantTools_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	VariantTools_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VariantTools_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
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