VariantAnnotation
DOI:
10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation
这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantAnnotation。
注释的基因变异
Bioconductor版本:3.7
注释变异,计算编码氨基酸的变化,预测编码的结果。
作者:瓦莱丽Obenchain (aut (cre),马丁•摩根(aut)迈克尔·劳伦斯(aut),斯蒂芬妮Gogarten(施)
维护人员:瓦莱丽Obenchain <维护者bioconductor.org >
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细节
| biocViews |
注释,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation |
| 版本 |
1.26.1 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.9 (r - 2.14)(7年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 2.8.0)、方法BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(> = 1.9.9),Rsamtools(> = 1.31.2) |
| 进口 |
跑龙套,DBI,zlibbioc,Biobase,S4Vectors(> = 0.17.24),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3) |
| 链接 |
S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings,Rsamtools |
| 建议 |
RUnit,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStats,ggplot2,BiocStyle |
| SystemRequirements |
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| 增强了 |
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| URL |
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| 取决于我 |
ampliQueso,注释,cgdv17,CNVrd2,deepSNV,DOQTL,ensemblVEP,genotypeeval,GoogleGenomics,HelloRanges,HTSeqGenie,igvR,myvariant,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,PureCN,R453Plus1Toolbox,RareVariantVis,Rariant,seqCAT,测序,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,签名者,SomaticSignatures,VariantFiltering,变体,VariantTools,VariantToolsData |
| 进口我 |
AllelicImbalance,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,COSMIC.67,customProDB,DominoEffect,FunciSNP,GA4GHclient,genbankr,GenomicFiles,GenVisR,ggbio,GGtools,gmapR,gQTLstats,gwascat,ldblock,MADSEQ,maftools,methyAnalysis,motifbreakR,MutationalPatterns,PGA,scoreInvHap,SNPhood,systemPipeR,TitanCNA,TVTB,Uniquorn,YAPSA,yriMulti |
| 建议我 |
AnnotationHub,AshkenazimSonChr21,BiocParallel,cellbaseR,CrispRVariants,GenomicRanges,GenomicScores,GeuvadisTranscriptExpr,GMRP,GWASTools,omicsPrint,podkat,SeqArray,trackViewer,三人组,vtpnet |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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