此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见ToPASeq.
Bioconductor版本:3.7
实现基于拓扑的RNA-seq数据路径分析方法。这包括通路表型关联的拓扑分析(TAPPA;高和王,2007),通路富集分析(PWEA;Hung等人,2010),以及通路调节评分(PRS;易卜拉欣等人,2012)。
作者:Ivana Ihnatova, Eva Budinska, Ludwig Geistlinger
维护者:Ludwig Geistlinger < Ludwig。Geistlinger在sph.cuny.edu>
引文(从R内,输入引用(“ToPASeq”)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ToPASeq”)
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browseVignettes(“ToPASeq”)
超文本标记语言 | R脚本 | 基于拓扑的RNA-seq数据通路分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,可视化 |
版本 | 1.14.1 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(四年) |
许可证 | AGPL-3 |
取决于 | R (>= 3.5.0),石墨 |
进口 | Rcpp,图、方法 |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,EnrichmentBrowser,气道,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ToPASeq_1.14.1.tar.gz |
Windows二进制 | ToPASeq_1.14.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ToPASeq_1.14.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ToPASeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/ |
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