ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见ToPASeq

基于拓扑的RNA-seq数据通路分析

Bioconductor版本:3.7

实现基于拓扑的RNA-seq数据路径分析方法。这包括通路表型关联的拓扑分析(TAPPA;高和王,2007),通路富集分析(PWEA;Hung等人,2010),以及通路调节评分(PRS;易卜拉欣等人,2012)。

作者:Ivana Ihnatova, Eva Budinska, Ludwig Geistlinger

维护者:Ludwig Geistlinger < Ludwig。Geistlinger在sph.cuny.edu>

引文(从R内,输入引用(“ToPASeq”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ToPASeq”)

文档

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browseVignettes(“ToPASeq”)

超文本标记语言 R脚本 基于拓扑的RNA-seq数据通路分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGraphAndNetworkNetworkEnrichment通路RNASeq软件可视化
版本 1.14.1
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(四年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (>= 3.5.0),石墨
进口 Rcpp、方法
链接 Rcpp
建议 BiocStyleEnrichmentBrowser气道knitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ToPASeq_1.14.1.tar.gz
Windows二进制 ToPASeq_1.14.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ToPASeq_1.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ToPASeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
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