此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见TSRchitect.
Bioconductor版本:3.7
近年来,大规模的转录序列数据对真核生物基因表达和调控的本质有了相当大的了解。识别mrna 5'端(最著名的是CAGE)的技术已经在许多模式生物中绘制了启动子图谱。由于TSS分布的可变性和数据集中存在的转录噪声,从这些数据集中精确识别基因的活性启动子并不简单。tschitect允许用户从各种TSS分析数据类型中有效地识别假定的启动子(转录起始区域,或TSR),包括单端(如CAGE)和配对端(RAMPAGE, PEAT, STRIPE-seq)。此外,(1.3.0新版功能)tsarchitect提供了导入对齐的EST和cDNA数据的能力。除了已识别TSRs的坐标外,tsarchitect还计算了形状指数的宽度、丰度和两种形式,并处理生物复制以进行表达分析。最后,tsarchitect导入注释文件,允许用户将识别的启动子与基因和其他基因组特征相关联。用户指南中提供了tsarchitect实用程序的三个详细示例,包含在这个包中。
作者:R. Taylor Raborn [aut, cre, cph] Volker P. Brendel [aut, cph] Krishnakumar Sridharan [ctb]
维护者:R. Taylor Raborn
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tsarchitect用户指南 | ||
超文本标记语言 | tsarchitect用户指南 | |
超文本标记语言 | R脚本 | TSRchitect装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,GenomeAnnotation,测序,软件,转录 |
版本 | 1.8.9 |
在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.5) |
进口 | AnnotationHub,BiocGenerics,BiocParallel,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,GenomicRanges,gtools,IRanges、方法、Rsamtools(> = 1.14.3),rtracklayer,S4Vectors,SummarizedExperiment,跑龙套 |
链接 | |
建议 | ENCODExplorer,ggplot2,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/brendelgroup/tsrchitect |
BugReports | https://github.com/brendelgroup/tsrchitect/issues |
全靠我 | |
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建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
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源包 | TSRchitect_1.8.9.tar.gz |
Windows二进制 | TSRchitect_1.8.9.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | TSRchitect_1.8.9.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSRchitect |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ tsarchitect |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TSRchitect/ |
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