TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见TCGAbiolinks

TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.7

TCGAbiolinks的目标是:i)促进GDC开放访问数据检索,ii)使用适当的预处理策略准备数据,iii)提供进行不同标准分析的手段,iv)轻松再现早期的研究结果。更详细地说,该软件包提供了多种分析方法(例如,差异表达分析,识别差异甲基化区域)和可视化方法(例如,生存图,火山图,星爆图),以便轻松开发完整的分析管道。

作者:Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Catharina Olsen, Luciano Garofano, Davide Garolini, Claudia Cava, Thais Sabedot, Tathiane Malta, Stefano M. Pagnotta, Isabella Castiglioni, Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi, Houtan Noushmehr

维护者:Antonio Colaprico < Antonio。Colaprico在ulb.ac。是>,Tiago Chedraoui Silva

引文(从R内,输入引用(“TCGAbiolinks”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“TCGAbiolinks”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAbiolinks”)

超文本标记语言 R脚本 1.简介
超文本标记语言 R脚本 10.TCGAbiolinks_Extension
超文本标记语言 R脚本 2.搜索GDC数据库
超文本标记语言 R脚本 3.下载和准备文件进行分析
超文本标记语言 R脚本 4.临床数据
超文本标记语言 R脚本 5.突变的数据
超文本标记语言 R脚本 6.TCGA分子亚型的编译
超文本标记语言 R脚本 7.分析和可视化TCGA数据
超文本标记语言 R脚本 8.案例研究
超文本标记语言 R脚本 9.图形用户界面(GUI)
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDifferentialExpressionDifferentialMethylationGeneExpressionGeneRegulationMethylationArray网络通路测序软件生存
版本 2.8.4
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.2)
进口 下载器(> = 0.4),survminergrDevices,dplyrgridExtra、图形、宠物猫、网格GenomicRangesXML(> = 3.98.0),data.tableEDASeq(> = 2.0.0),刨边机(> = 3.0.0),jsonlite(> = 1.0.0),plyrknitr、方法、biomaRtggplot2ggthemes生存stringr(> = 1.0.0),IRanges尺度房车(>= 0.3.0), stats, utils,selectrS4VectorsComplexHeatmap(> = 1.10.2),R.utilsSummarizedExperiment(> = 1.4.0),genefilterConsensusClusterPlusreadrRColorBrewerdoParallelGenomeInfoDbGenomicFeatures,平行,工具,股东价值分析limmaxml2httr(> = 1.2.1),matlabcirclizeggrepel(> = 0.6.3)
链接
建议 pngBiocStylermarkdowndevtoolsmaftoolsparmigenec3netminetdnetBiobaseaffytestthatpathviewclusterProfilerigraphsupraHex
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
全靠我
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包档案

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源包 TCGAbiolinks_2.8.4.tar.gz
Windows二进制 TCGAbiolinks_2.8.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) TCGAbiolinks_2.8.4.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinks
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
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