SummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见SummarizedExperiment．

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:3.7

summarizeexperiment容器包含一个或多个测试，每个测试都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围，列表示样本。

作者:马丁·摩根，瓦莱丽·奥本chain，吉姆·赫斯特，Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“summarizeexperiment”)

文档

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browseVignettes(“SummarizedExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	SummarizedExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.10.1
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法，GenomicRanges(> = 1.31.17),Biobase，DelayedArray(> = 0.3.20)
进口	效用，统计，工具，矩阵，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.16),GenomeInfoDb(> = 1.13.1)
链接
建议	注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BiocStyle，knitr，rmarkdown，消化，jsonlite，rhdf5，HDF5Array(> = 1.7.5),气道，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	气道，AllelicImbalance，anamiR，BiocSklearn，BiSeq，bnbc，bsseq，CAGEfightR，clusterExperiment，coseq，csaw，cydar，DaMiRseq，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffcoexp，diffHic，DMCHMM，DREAM4，dsQTL，ENmix，EnrichmentBrowser，epigenomix，EventPointer，ExpressionAtlas，裂变，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，genoset，geuvPack，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，HDCytoData，HelloRanges，hipathia，HMP16SData，InTAD，InteractionSet，感兴趣，iSEE，isomiRs，ivygapSE，JunctionSeq，工商管理硕士，methylPipe，microRNAome，minfi，miRmine，mpra，NADfinder，parathyroidSE，PowerExplorer，重新计票，REMP，restfulSE，restfulSEData，RIPSeeker，rqt，runibic，sampleClassifierData，Scale4C，嘘，司康饼，scRNAseq，SDAMS，SGSeq，simulatorZ，SingleCellExperiment，singleCellTK，soGGi，经验丰富的人，SummarizedBenchmark，TissueEnrich，VanillaICE，VariantAnnotation，山药，zinbwave
进口我	适应，ALDEx2，高山，anamiR，anota2seq，apeglm，亚瑟士，AUCell，基础知识，BBCAnalyzer，biotmle，biovizBase，BiSeq，BloodCancerMultiOmics2017，brgedata，BUMHMM，篮球选手，催化剂，ccfindR，负责，ChIPpeakAnno，chromVAR，CLLmethylation，CNPBayes，coexnet，COSMIC.67，DChIPRep，debrowser，DEComplexDisease，反编排，DEGreport，部，DEScan2，命运，diffcyt，DominoEffect，easyRNASeq，埃尔默，ensemblVEP，epivizrData，erma，FourCSeq，空对空导弹，GenomicDataCommons，GGBase，ggbio，gQTLBase，gQTLstats，GreyListChIP，gwascat，HTSeqGenie，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，InterMineR，iteremoval，LineagePulse，M3D，MADSEQ，桅杆，mCSEA，餐，MetaNeighbor，methyAnalysis，MethylAid，methylumi，methyvim，MinimumDistance，MLSeq，MoonlightR，motifmatchr，msgbsR，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，multiOmicsViz，MutationalPatterns，MWASTools，netSmooth，oligoClasses，omicRexposome，omicsPrint，oncomix，pcaExplorer，phenopath，psichomics，PureCN，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，RcisTarget，readat，regionReport，regsplice，rgsepd，咆哮，RTCGAToolbox，SC3，scDD，scfind，scmap，scmeth，SCnorm，scoreInvHap，scPipe，食物，semisup，seqCAT，singscore，激流回旋，SNPchip，SNPhood，飞溅，srnadiff，SVAPLSseq，switchde，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCGAWorkflowData，TCseq，tenXplore，时尚的，TSRchitect，TTMap，TVTB，TxRegInfra，VariantFiltering，vidger，yriMulti，zFPKM
建议我	AnnotationHub，biobroom，biotmleData，DelayedArray，epivizr，epivizrChart，esetVis，GENIE3，GenomicRanges，Glimma，globalSeq，HDF5Array，interactiveDisplay，methyvimData，MSnbase，pathprint，pathprintGEOData，podkat，RforProteomics，RiboProfiling，S4Vectors，scFeatureFilter，TFutils，tissueTreg
链接到我
构建报告

包档案

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源包	SummarizedExperiment_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SummarizedExperiment_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ summarizeexperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment/
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