SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqSQC。

用于样本质量检查的生物导体包与下一代测序数据

Bioconductor版本:3.7

SeqSQC旨在识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐相关性和总体异常值的样本。

作者:刘谦[aut, cre]

维护者:Qian Liu

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	用SeqSQC进行下一代测序数据的样本质量检查
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	实验数据，基因组，Homo_sapiens_Data，Project1000genomes，测序数据，软件
版本	1.2.0
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)，ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071，GenomicRanges，gdsfmt，ggplot2，GGally，IRanges、方法、rbokeh，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SeqSQC_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SeqSQC_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqSQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqSQC/
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