击杀

DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见击杀

整合转录组和表观基因组的显著性模块

Bioconductor版本:3.7

这个包建立在Epimods框架之上,该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”),就像在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类以基因为中心的注释,这些注释与p值、效应大小和来自任何研究人员先前统计结果的分数相关,以寻找功能模块。

作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally

维护者:Neil Ari Wijetunga , Andrew Damon Johnston

引文(从R内,输入引用(“击打”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SMITE”)

文档

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browseVignettes(“击打”)

PDF R脚本 击打教程
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文本 新闻

细节

biocViews 报道DifferentialExpressionDifferentialMethylationGenomeAnnotation网络NetworkEnrichmentRNASeq测序软件SystemsBiology
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.3),GenomicRanges
进口 尺度plyrHmiscAnnotationDbiorg.Hs.eg.dbggplot2reactome.dbKEGG.db生命网络goseq、方法、IRangesigraphBiobase、工具、S4VectorsgeneLenDataBase, grDevices,图形,统计,utils
链接
建议 knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/GreallyLab/SMITE
BugReports https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SMITE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 SMITE_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SMITE_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SMITE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SMITE/
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