Rsamtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsamtools

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见Rsamtools。

二进制对齐(BAM)、FASTA、变体调用(BCF)和tabix文件导入

Bioconductor版本:3.7

这个包提供了'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序的接口(见'LICENCE')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，FASTA，二进制变体调用(BCF)和压缩索引tab分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\ e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Nathaniel Hayden

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

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browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF	R脚本	Rsamtools简介
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证
视频		堆积在Rsamtools

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.32.3
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(8.5年)
许可证	art -2.0 |文件许可
取决于	方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(> = 2.47.6)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc,bitops,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	GenomicAlignments,ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,KEGG.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
取决于我	ArrayExpressHTS,BaalChIP,BitSeq,嵌合体,chipseqDB,食典委,contiBAIT,CoverageView,esATAC,exomeCopy,exomePeak,GenoGAM,GenomicAlignments,GenomicFiles,girafe,gmapR,吉他,HelloRanges,感兴趣,leeBamViews,MEDIPS,methylPipe,MMDiff2,podkat,qrqc,r3Cseq,Rcade,ReQON,rfPred,RIPSeeker,rnaseqGene,rnaSeqMap,测序,SGSeq,ShortRead,SICtools,SNPhood,ssviz,systemPipeR,TarSeqQC,TBX20BamSubset,TEQC,VariantAnnotation,wavClusteR
进口我	AllelicImbalance,高山,AneuFinder,annmap,AnnotationHubData,ArrayExpressHTS,ASpli,ATACseqQC,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,cellbaseR,CexoR,chimeraviz,ChIPComp,ChIPexoQual,ChIPpeakAnno,ChIPQC,ChIPSeqSpike,chromstaR,chromVAR,cn.mops,CNVPanelizer,CNVrd2,compEpiTools,文案,CrispRVariants,csaw,customProDB,derfinder,DEXSeq,DiffBind,diffHic,DOQTL,easyRNASeq,EDASeq,ensembldb,epigenomix,eudysbiome,FourCSeq,FunChIP,FunciSNP,gcapc,GeneGeneInteR,genomation,GenomicAlignments,GenomicInteractions,GenVisR,ggbio,GGtools,GoogleGenomics,哥特,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,gwascat,h5vc,HTSeqGenie,ima,检查,karyoploteR,ldblock,LungCancerLines,MACPET,MADSEQ,maftools,联合化疗,metagene,methylKit,马赛克,motifmatchr,msgbsR,NADfinder,诊断,ORFik,panelcn.mops,PGA,图片,plyranges,PureCN,QDNAseq,qsea,QuasR,R453Plus1Toolbox,ramwas,Rariant,Repitools,RiboProfiling,riboSeqR,RNAprobR,Rqc,rtracklayer,segmentSeq,seqplots,seqsetvis,soGGi,SplicingGraphs,srnadiff,TCseq,TFutils,TitanCNA,tracktables,trackViewer,transcriptR,TransView,TSRchitect,TVTB,VariantFiltering,VariantTools
建议我	annotationhub.,bamsignals,BaseSpaceR,BiocGenerics,BiocParallel,biomvRCNS,芝加哥,计,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,gQTLstats,IRanges,metaseqR,omicsPrint,parathyroidSE,收回,RnaSeqTutorial,SeqArray,seqbias,SigFuge,similaRpeak,彩带
我的链接	ArrayExpressHTS,BitSeq,DiffBind,h5vc,podkat,qrqc,QuasR,seqbias,TransView,VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rsamtools_1.32.3.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.32.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rsamtools_1.32.3.tgz
源库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rsamtools.
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsamtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
包下载报告	下载数据