RTCGA.

DOI:10.18129 / b9.bioc.rtcga.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本,请参阅RTCGA.

癌症基因组图集数据集成

生物导体版本:3.7

癌症基因组ATLAS(TCGA)数据门户为研究人员提供了搜索,下载和分析TCGA生成的数据集的平台。它包含肿瘤基因组的临床信息,基因组特征数据和高水平序列分析。关键是要了解基因组学改善癌症护理。RTCGA包使用患者条码键提供下载和集成的TCGA数据,可实现更容易的数据占有。这可能对对科学发展的影响和对患者治疗的改善产生生育的作用。此外,RTCGA封装将TCGA数据转换为整洁的形式,这方便使用。

作者:Marcin Kosinski ,Przemyslaw Biecek

维护者:Marcin Kosinski

引文(从R内,输入引文(“RTCGA”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// urls源(“https://biocumon.org/bioclite.r”)Bioclite(“RTCGA”)

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BROWSEVIGNETTES(“RTCGA”)

HTML. 集成TCGA数据 - RTCGA工作流程
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. DataImport.datarepresentation.预处理rnaseq.软件
版本 1.10.0.
在生物导体中以来 BIOC 3.2(R-3.2)(3年)
执照 GPL-2
依靠 r(> = 3.3.0)
进口 XML.assertthat.stringi.data.table.XML2.dplyr.邮风生存SURVMINER.ggplot2.ggthemes.viridis.kn
链接到
建议 devtools.testthat.pBioBase.Genomicranges.绞喉S4Vectors.RTCGA.rnaseq.Rtcga.Clinical.RTCGA.Mutations.RTCGA.RPPARTCGA.MRNARtcga.mirnaseq.rtcga.methylation.RTCGA.CNV.RTCGA.PANCAN12.Magrittr.Tidyr.
系统要求
加强
URL. https://rtcga.github.io/rtcga.
Bugreports. https://github.com/rtcga/rtcga/issues.
取决于我 Rtcga.Clinical.RTCGA.CNV.rtcga.methylation.Rtcga.mirnaseq.RTCGA.MRNARTCGA.Mutations.RTCGA.PANCAN12.RTCGA.rnaseq.RTCGA.RPPA
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

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源包 RTCGA_1.10.0.tar.gz.
Windows二进制文件 RTCGA_1.10.0.zip.
Mac OS x 10.11(El Capitan) RTCGA_1.10.0.TGZ.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/rtcga.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondion.org:包装/ rtcga
包短网址 http://biocidodder.org/packages/rtcga/
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