REDseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.REDseq

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见REDseq．

限制性内切酶处理的高通量测序数据分析

Bioconductor版本:3.7

该软件包包括构建限制性内切酶切割位点(RECS)图谱，用五种不同的方法在图谱上分布已映射序列，为样品寻找富集/缺失的RECSs，以及识别样品之间差异富集/缺失的RECSs。

作者:朱丽华、Thomas Fazzio

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“REDseq”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“REDseq”)

PDF	R脚本	REDseq装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.15.0)，BiocGenerics(> = 0.1.0),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，乘，Biostrings，BSgenome，ChIPpeakAnno
进口	BiocGenerics，AnnotationDbi，Biostrings，ChIPpeakAnno、图形、IRanges(> = 1.13.5),乘，统计，效用
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	REDseq_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	REDseq_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	REDseq_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REDseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/REDseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REDseq/
软件包下载报告	下载数据